El método del presente trabajo se basó, en un primer momento, en un profundo análisis bibliográfico para entender el contexto de nuestra investigación. La Unión Europea se caracteriza por tener unos procedimientos, una jerga y un funcionamiento propios, siendo indispensable familiarizarse con tales particularidades para poder estudiar un aspecto concreto. Además de realizar un repaso de la producción académica previa, se analizó una gran parte de la legislación comunitaria que pudiera influir o afectar a los intereses de las iglesias.
En un segundo momento, la metodología empleada consistió principalmente en entrevistas con ‘lobbistas’ religiosos, organizaciones laicas y representantes de la Unión Europea, ya fuera de forma presencial, telefónica, por correo electrónico o Skype. Paralelamente, a fin de garantizar el cumplimiento de los objetivos planteados, se establecieron métodos de trabajo más ajustados para algunos casos concretos: